Con il bombardamento del 1944 venne quasi completamente distrutta la Cappella Ovetari e perduti gli affreschi di Andrea Mantegna del 1448/60, con i quali il diciassettenne artista ha segnato la svolta rinascimentale della pittura italiana.

Andrea Mantegna è nato a Isola di Carturo (ora Isola Mantegna di Piazzola sul Brenta) nel 1431 e morto a Mantova l'11 marzo 1506. Apprese i segreti e le idee per la sua pittura da Donatello, in quegli anni a Padova per realizzare l'altare maggiore della Basilica del Santo e la statua equestre del Gattamelata.

E' stata la più importante perdita in campo artistico subita dall'Italia durante la seconda guerra mondiale.

La chiesa subì gravissimi danni quali la distruzione del tetto a capriate di legno e danni importanti anche alla faccita e agli affreschi di Giusto de Menabuoi e del Guariento.

La chiesa degli Eremitani è un tipico esempio di edificio dell'ordine Agostiniano: un'unica grande aula (detta anche 'a granaio') adatta alla predicazione.

Francescano è l'impianto architettonico, per la semplicità dovuta principalmente al contenimento dei costi di costruzione, ma non mancano accenni gotici.

La chiesa del 1276, edificata su precedenti antichissime strutture, è dedicata ai Santi Filippo e Giacomo, ma è tradizionalmente conosciuta come "degli Eremitani" in quanto l'annesso convento con foresteria era meta dei pellegrini di passaggio. La fortuna di questo luogo è infatti dovuta proprio agli ordini 'mendicanti'. Sul fianco della facciata rimangono le tracce della porta d'accesso all'area conventuale, con i segni della campanella di richiamo.

L'originale copertura lignea è attribuita a fra' Giovanni degli Eremiti che risolse, nel 1306, lo spazio interno con il monumentale soffitto ligneo intonacato e decorato che modellava i volumi interni e si poneva come elemento di valorizzazione della lunga navata. Un'intuizione straordinaria che sublima l'arredo architettonico e si avvicina all'arte urbanistica.

La grande volta lignea è andata perduta nel bombardamento, ma la ricostruzione moderna, di legno senza aggiunte decorative, è apprezzabile e di grandissimo fascino.

Oltre alle tracce di quello che fu uno dei cardini della pittura italiana, capolavoro giovanile di Andrea Mantegna, e ai citati affreschi del Guariento, vi sono i monumenti a Ubertino e Jacopo da Carrara, signori della Padova trecentesca.